2月17日，一则关于“广州1病例感染奥密克戎亚变体BA.2毒株”新闻被各大媒体报道。奥密克戎亚变体BA.2变异株再次进入大众视野。那么BA.2变异株与奥密克戎变异株有什么区别？BA.2变异株目前全球流行趋势如何？BA.2变异株会成取代奥密克戎成为下一个全球流行株吗？
BA.2变异株与奥密克戎变异株有什么区别呢？从各大媒体报道中，大家也可以看出，BA.2被定义为奥密克戎变异株的“姊妹株”，那是因为BA.2变异株并不是由奥密克戎变异株进化而来，两者有着共同的起源。进化分析结果显示，奥密克戎和BA.2变异株最早在2021年2月份就已经分开，形成两个姊妹分支后单独进化了一段时间，并于2021年11月在南非几乎同时出现。（图1）
图 1. 奥密克戎和BA.2变异株进化分析（数据来源于nextstrain）
为了更直观对比BA.2变异株与奥密克戎变异株的区别，我们对两个变异株的主要突变位点做了对比分析。如图2所示，两者刺突蛋白上共有非同义突变22个，其中我们之前文章中报道的与鼠适应性相关的5个重要突变位点（K417, E484, Q493, Q498, 和 N501Y）在两者中都存在，这也进一步说明了两种变异株可能共同起源于啮齿动物。另外，在刺突蛋白上，BA.2变异株具有7个特异性非同义突变位点，而奥密克戎具有12个特异性非同义突变位点。另外，从主要突变对比可以看出，在奥密克戎的刺突蛋白上存在着第69和第70位氨基酸的缺失突变，这个突变一般用于核酸检测（RT-PCR）时确定是否为奥密克戎变异株，但BA.2变异株缺少该突变，不能在核酸检测时直接分型，需要后续通过测序或其他手段确定变异株类型，因此BA.2变异株被称为“隐形的奥密克戎”。
图 2. BA.2变异株与奥密克戎 (BA.1) 主要突变对比（红色标记的为两个变异株共有重要突变）
那么，BA.2变异株目前全球流行趋势如何？我们利用截止2022年2月18日 GISAID基因组数据库中的数据分析发现。截止目前，全球已经有80个国家或地区报道了BA.2变异株。我们分析了Delta变异株、奥密克戎变异株和BA.2变异株全球流行趋势。结果见图3，从图中可以看出，虽然现在奥密克戎变异株还是全球主要流行株，但BA.2变异株的全球占比正在迅速增加，相信BA.2 取代奥密克戎只是时间的问题。
图 3. 不同变异体全球流行趋势分析
对不同国家BA.2变异株占比分析发现，BA.2在不同国家占比差异较大，例如在丹麦过去一周中分离的毒株中90%以上都为BA.2变异株 （图4），而在美国仅为1%左右，这是因为美国疫情较为严重，奥密克戎变异株过去2个月在美国疯狂传播，已经形成了“建立者效应”，使得BA.2变异株很难在短期内取代奥密克戎变异株。
图 4. 不同变异体在丹麦流行趋势分析
新冠病毒新的变异体不断出现，但很多国家已经“躺平”，认为新冠病毒的全球大流行已经过去，这样的做法是非常不负责任的。病毒的进化还在继续，奥密克戎和BA.2肯定都不会是新冠病毒的最后一个变异体。未来的某个时间点，一个对于奥密克戎和BA.2变异株抗体无效的新变异株很可能会再一次引发全球大流行。
稿件来源：南开大学刘斌教授团队
主要成员：孙亚民 刘斌