来源于传染病预防控制国家重点实验室公众号
徐建国院士团队2014年在美国微生物学会临床微生物杂志（Journal of Clinical Microbiology, JCM）发表的病原性细菌最小核心基因组分型论文“Minimum core genome sequence typing of bacterial pathogens: a unified approach for clinical and public health microbiology”（DOI: 10.1128/JCM.00535-13）下载量达1058631次[1]。
在细菌性传染病调查研究中经常遇到的一个问题是，许多分离株在分类学上同属一个“种（species）”，但致病性千差万别，有的致病性很强，有的根本没有致病性，给疫情判断、治疗预防、卫生决策等带来困难。猪链球菌就是这样。
猪链球菌包括50余个血清型，上千个序列型。序列7型猪链球菌(Streptococcus suis sequence type 7）1996年在中国首次显现,成为猪链球菌毒力最强的分支，1998年在江苏引发疫情；2002-2004年间陆续分化为5个新的分支，2005年在四川引发世界上最大的一次人间疫情。部分患者表现出链球菌中毒性休克样综合征，病情凶险，病死率高。可是，在北美流行的序列25型等菌株，致病力很低，几乎不引起人间感染。此外，猪链球菌也是猪咽部的正常菌群，阳性率接近百分之百。
那么，如何认识和及时发现这些具有重要公共卫生意义的猪链球菌呢？徐建国院士团队提出最小核心基因组（Minimum Core Genome）分型方法的概念。也就是说，把所有菌株共有的基因挑选出来，称之为“最小核心基因组”。使用所有菌株共有的最小核心基因组，依据遗传相关性，对各种各样的分离菌株进行分类。
他们发现，在猪链球菌的2469个基因中有1077个是所有测试菌株共有的。删除201可移动基因，把剩下的876个基因定义为猪链球菌的最小核心基因组（MCG）。在猪链球菌的最小核心基因组中，存在58501个单核苷酸多态性（SNP）。使用Structure软件对5.8万个SNPs进行分析，可将猪链球菌种群分为7个组，命名为MCG 1-7(Minimum core genome group 1-7)。所有能够感染人的菌株都在MCG1组。在此基础上，筛选出10个SNPs，发展了快速检测MCG型别的PCR方法。在临床和公共卫生实验室中，一旦发现分离的猪链球菌属于MCG 1组，就应该高度关注，存在发生暴发疫情和死亡的可能性。使用细菌最小核心基因组分型方法将病原菌进行分组的思路，已经在军团菌等领域应用[2]。具有普遍性意义。猪链球菌领域很小，论文能够引起如此关注还是很意外的。
论文的共同第一作者是中国疾控中心传染病所陈晨研究员、张雯副研究员、郑翰研究员、澳大利亚南威尔士大学兰瑞廷研究员等。加拿大蒙特利尔大学全球著名的猪链球菌专家Marcelo Gottschalk做出了重要贡献。
参考文献：
1.Chen C, Zhang W, Zheng H, et al. Minimum core genome sequence typing of bacterial pathogens: a unified approach for clinical and public health microbiology. J Clin Microbiol 2013;51(8):2582-91. DOI: 10.1128/JCM.00535-13.
2.Qin T, Zhang W, Liu W, et al. Population structure and minimum core genome typing of Legionella pneumophila. Sci Rep 2016;6:21356. DOI: 10.1038/srep21356.