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  2022-04

  关于上海新发新冠疫情的研判简报（2022.4.13更新）

  报告者： 南开大学黄森忠团队基本结论：上海市本轮新发疫情的发展，仍存在大的不确定性，或可期在5月底前结束。一、趋势预测自2022年2月24日新发的上海疫情，截至4月12日共有感染者（确诊与无症状感染者的累计总和）254580例。EpiSIX预测其规模在335357~455758例之间（实际规模理论值为45~55万），停时（即零新增起点）在2022年5月14日至5月20日之间（最迟在5月底前）。目前其处于上升阶段。已在4月10日转入“受控”状态，是时其有效再生数的值为0.96，小于阈值1.0，随后一直下降到0.87。参见图1及表1。4月1日起的“上海市全域静态管理”效果评估：假若没有施行此“全域静态管理”直至4月30日，考虑“自然免疫”的效率（取“预防感染效率”VEs=25%,“降低病症效率”VEi=75%；上海人口总数取2500万）,则此期间的有效再生数将从2.88下降至2.04，且至4月30日的实际感染规模的理论值将达到1618万（检出的感染者总数在6百万左右）。参见图2。二、住院床位压力预测我们主要关注危重症和普通型患者及部分轻症患者的住院需求。参考香港第五波疫情的病亡数据（0.6
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  2022-04

  关于上海新发新冠疫情的研判简报（2022.4.10更新）

  报告者： 南开大学黄森忠团队基本结论：上海市本轮新发疫情的发展，仍存大的不确定性，或可期在5月初基本平复。一、趋势预测自2022年2月24日新发的上海疫情，截至4月9日共有感染者（确诊与无症状感染者的累计总和）179164例。EpiSIX预测其规模在244666~354371例之间（实际规模理论值为35~41万），停时（即零新增起点）在2022年4月28日至5月4日之间（最迟在5月15日前）。目前其处于上升阶段，需严密关注其发展及外溢风险。在4月7日已转入“受控”状态（其有效再生数在4月7日其值为0.95，小于阈值1.0；现有值为0.87，随后一直下降到0.79）。参见图1及表1。4月1日起的“上海市全域静态管理”效果评估：假若没有施行此“全域静态管理”直至4月30日，考虑“自然免疫”的效率（取VEs=25%,VEi=75%；上海人口总数取2500万）,则此期间的有效再生数将从2.88下降至2.04，且至4月30日的实际感染规模的理论值将达到1618万（检出的感染者总数在6百万左右）。参见图2。二、住院床位压力预测我们主要关注危重症和普通型患者及部分轻症患者的住院需求。参考香港第五波疫
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  2022-04

  关于上海新发新冠疫情的研判简报（2022.4.6）

  报告者： 南开大学黄森忠团队基本结论：上海市本轮新发疫情的发展，仍存大的不确定性，或可期在5月初基本平复。一、趋势预测自2022年2月24日新发的上海疫情，截至4月5日共有病例（确诊数与无症状感染者数的累计总和）90342例。EpiSIX预测其规模在133294~166482例之间（实际规模理论值为19~24万），停时（即零新增起点）在2022年4月22日至4月28日之间。目前其处于上升阶段，需严密关注其发展及外溢风险。在4月4日后已转入“受控”状态（其有效再生数现有值为0.79，在4月4日其值为0.86，小于阈值1.0）。参见图1及表1。4月1日起的“上海市全域静态管理”效果评估：假若没有施行此“全域静态管理”直至4月30日，考虑“自然免疫”的效率（取VEs=25%,VEi=75%；上海人口总数取2500万）,则此期间的有效再生数将从2.88下降至2.04，且至4月30日的实际感染规模的理论值将达到1618万（检出的病例数在6百万左右）。参见图2。二、住院床位压力预测我们主要关注危重症和普通型患者及部分轻症患者的住院需求。参考香港第五波疫情的病亡数据（0.60%）和吉林的95%均为轻

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  2022-04

  新冠病毒的重组变异株XE是如何产生的？

  最近，在英国发现的由奥密克戎BA.1和BA.2重组产生的新重组变异株备受关注，该重组变体被命名为XE变异株。从之前的德尔塔克戎到现在的XE重组变异株，最近新冠病毒的重组变异体似乎出现的比较频繁。那么，新冠病毒的重组变异株是怎么产生的呢？XE重组变异株能否取代BA.2成为下一个主要流行变异株？让我们一起来探讨一下这些问题。重组变异株是两种病毒同时感染同一个宿主细胞后，病毒的遗传信息发生交换，产生了与亲代差异很大的可遗传后代。变异体XE是由奥密克戎BA.1和BA.2重组产生，其基因组前10kb左右来自于奥密克戎BA.1（图1中的红色部分，共含有8个突变），后面的基因组序列来自奥密克戎BA.2 （共含有54个突变）。该变异早在1月16日就在英国公开的病毒测序序列里面存在。重组变异体XE的大部分突变来自于奥密克戎BA.2，因此它的很多病毒学特征与BA.2更接近。图1. XE变异毒株与原始毒株相比的突变位点新冠病毒的重组变异体是怎么产生的呢？病毒变异主要有两种方式，一种是基因突变，即病毒DNA或RNA在复制过程中产生错误，形成单个碱基或多个碱基的突变。另一种就是不同病毒间的基因重组，基因重组大多
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  2022-02

  奥密克戎的“姊妹株”BA.2变异株最早于2021年11月在南非出现

  2月17日，一则关于“广州1病例感染奥密克戎亚变体BA.2毒株”新闻被各大媒体报道。奥密克戎亚变体BA.2变异株再次进入大众视野。那么BA.2变异株与奥密克戎变异株有什么区别？BA.2变异株目前全球流行趋势如何？BA.2变异株会成取代奥密克戎成为下一个全球流行株吗？BA.2变异株与奥密克戎变异株有什么区别呢？从各大媒体报道中，大家也可以看出，BA.2被定义为奥密克戎变异株的“姊妹株”，那是因为BA.2变异株并不是由奥密克戎变异株进化而来，两者有着共同的起源。进化分析结果显示，奥密克戎和BA.2变异株最早在2021年2月份就已经分开，形成两个姊妹分支后单独进化了一段时间，并于2021年11月在南非几乎同时出现。（图1）图1 奥密克戎和BA.2变异株进化分析（数据来源于nextstrain）为了更直观对比BA.2变异株与奥密克戎变异株的区别，我们对两个变异株的主要突变位点做了对比分析。如图2所示，两者刺突蛋白上共有非同义突变22个，其中我们之前文章中报道的与鼠适应性相关的5个重要突变位点（K417, E484, Q493, Q498, 和 N501Y）在两者中都存在，这也进一步说明了两种变
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  2021-12

  奥密克戎背后：新冠演化走向何方？

  来源于新京报在孙亚民的笔记本电脑里，保存着不同时期新冠变异株的数据图。曲线大多呈现倒U字形，随着时间推移爬坡、登顶，随即下降、接近消失，每一根线条，都对应着新冠变异株在人类社会登场与隐退的极简史。新冠“迭代”的速度，比电子产品还快。阿尔法刚成为主流流行株不久，德尔塔便来势汹汹；德尔塔还带着“新秀”的气息，奥密克戎已在几日内成为焦点。它变异之大、“升级”之快，所有前辈都不能相比。但奥密克戎也没什么特殊。两年时间中，新冠的变异如同树木不断抽枝散叶，不时有新成员家族壮大，也有老成员式微凋亡。奥密克戎不是第一个，大概率，也不会是最后一个。“不同寻常”的奥密克戎11月26日晚，南开大学公共卫生与健康研究院教授孙亚民工作室的电脑开始通宵加班运作，逐一读取总数达500多万份的基因组数据。ATTAAAGGTTTATACC……这些fasta格式的独立文件，写满了象征四种碱基的字母，每一份，都是一粒曾在人类世界短暂露面的新冠病毒的生命密码。有的完全一样，有的不尽相同，它们来自全球各地的人类实验室，从疫情初始到当下，汇聚成一个庞大的新冠病毒数据池。再次将触角沉入这个“池子”，是为了探究其中131株变异体。此

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  02

  2021-02

  新冠病毒核酸检测为阳性的食品有传染性吗？

  目前全世界范围内众多国家深受新冠疫情影响，近一段时间我国部分食品新冠病毒检测出现了阳性，既有使用了进口食品原料的国产食品也有进口冷冻食品，被新冠病毒污染的食品成为社会各界关注的焦点。在疫情防控常态化阶段，为打消民众对冷链食品安全性的疑虑，全国多地严抓生鲜冷链安全防控措施，并出台相关的严防严控标准。然而新冠病毒核酸检测为阳性的食品确实有传染性吗？目前对于新冠病毒检测采用RT-dPCR方法，该方法的检测目标物是病毒的遗传物质——核酸，具有极高的灵敏度。该方法判别的是样品中是否存在病毒的遗传物质，并不能判断是不是存在具有增殖能力的活病毒，因此国家食品安全风险评估中心副主任李宁在解读“食品检出新冠病毒阳性”这一问题时明确回应：“核酸检测主要针对的是病毒的核酸片段，无论是活病毒还是死病毒都有可能检出阳性，因此食品检出核酸阳性不代表具有传染性，只能说明它曾经被新冠病毒污染过；从全国各地对食品及其外包装新冠核酸检测来看，总体阳性率较低，不到万分之一，总体污染量也较低。”同时中国工程院院士、国家食品安全风险评估中心研究员陈君石表示，“新冠病毒在食物中不会生长、不会繁殖，即使接触到食品表面的病毒，也不会
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  2020-12

  冷链食品与新冠疫情

  近日，多地进口冷链食品包装新冠病毒核酸检测呈阳性，引起了广泛关注。为何多地冷链食品及外包装检出新冠病毒核酸阳性？国家食品安全风险评估中心副主任李宁解释，有两大原因：一方面，是因为目前国外很多国家正处于新冠疫情暴发期，各种物体的表面包括食品及其外包装都有可能被新冠病毒污染，而新冠病毒在低温下存活时间长，因此进口冷链食品及其外包装就可能成为跨境远距离运输携带新冠病毒的载体。另外一个方面，近期各部门、各地按照国务院联防联控机制要求加大对进口冷链食品及其外包装新冠病毒核酸检测和抽检，随着检测频次、频率以及覆盖范围的增加，发现阳性的概率也就增加了。截至目前全国抽检监测的阳性率是万分之零点四八，总的来看，阳性率比较低，而且主要集中在食品外包装。据报道，近期进口冷链食品核酸阳性检出率明显增高，波及省份增多，涉及产品范围从海产品到畜禽肉类产品，进口物资被病毒污染范围从冷链食品扩展到集装箱。但是，这并不意味着进入到我国的进口冷链产品特别是冷冻生鲜食品不安全。由于新冠病毒的特性决定了其在货品上只能是附着，而不能繁殖，只有进入人体内才会繁殖。新冠病毒附着在货品上的存活时长与货品材质及储存条件密切相关。一般来
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  2020-12

  冷链食品到底能不能吃？

  自新冠疫情常态化防控以来，天津、青岛、山东、重庆等多地冷链食品外包装核酸检测呈阳性，而且疫情通过冷链输入境内的案例，也已出现多起。关于进口冷链食品是否安全、如何做好个人防护的问题，中国疾控中心消毒学首席专家、环境所消毒与感染控制中心主任张流波介绍，目前并没有发现因为直接食用这些进口冷链食品引起的感染，公众在接触进口冷链食品后，应当首先对外包装表面及周边环境进行消毒，并做好手部清洁与防护。为让大家在日常生活中可以安全食用冷冻冰鲜食品，小编再给您具体支几招。一、 选购过程u 到正规的超市或市场选购生鲜产品，选购时可使用一次性塑料袋反套住手 挑选冷冻冰鲜食品，避免用手直接接触，同时，正确佩戴口罩。u 购买预包装冷冻冰鲜食品时，要关注生产日期、保质期、储存条件等食品标签内容，保证食品在保质期内。u 购物后及时用肥皂或洗手液清洗双手，洗手前，双手不碰触口、鼻、眼等部位。u 海淘、代购境外国家或地区商品，包括购买境外冷冻食品，要关注海关食 品检疫信息，做好外包装消毒。二、 清洗加工u 保持厨房和用具的卫生清洁，处理食材前要洗手。u 做到生熟分开，处理冷冻冰鲜食品所用的容器（盆）、刀具和砧板等器具应

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  2022-04

  北京市疫情传播链复盘图解

  2022年4月22日至4月26日，北京市累计报告113例新冠肺炎病毒感染者，其中确诊病例105例。涉及8个区，包括朝阳区（69例）、房山区（20例）、顺义区（8例）、昌平区（5例）、丰台区（6例）、西城区（2例）、延庆区（2例）和通州区（1例）。涉及12个中风险地区和2个高风险地区。图1. 北京市本轮疫情及中高风险地区分布情况根据流行病学调查结果显示，本轮疫情涉及学校、旅行团及多个家庭，短期内出现了多代病例，提示病毒传播隐匿、传播速度快，防控难度进一步加大。现有两条独立传播链条，为朝阳区涉及疫情和丰台中西医结合医院涉及疫情。其中朝阳区涉及疫情包括老年旅游团、在校学生、装修从业人员引发的传播链分支。装修工人传播链引发朝阳区、顺义区、房山区等家庭聚集性疫情以及外出聚餐相关联疫情（房山区窦店镇某火烧店和朝阳区护国寺小吃店均涉及超过10例感染者）。值得注意的是，居住在朝阳区潘家园的165号感染者，与装修工人、垂杨柳中学、护国寺小吃、火烧店、外卖人员均有联系，并通过社区、小吃店、学校等传播方式将传播链不断延长，造成了聚集性疫情的暴发扩散，截至目前，与该传播链相关的感染者已超70人。老年旅游团传播
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  2022-04

  山西省疫情传播链复盘图解

  自2022年4月3日山西省太原市小店区报告5例核酸检测初筛阳性感染者以来，截至2022年4月18日24时，山西省本轮疫情累计感染人数已达290人。感染人数涉及太原（254例）、运城（16例）、朔州（12例）、晋中（5例）、忻州（1例）和阳泉（1例）等市。目前，本轮疫情传播链较为清晰，尚未发生除太原清徐县以外的社会面扩散，外溢风险较小，提示山西省疫情基本可控，总体呈现向好的局面（图1）。图1. 山西省疫情分布和累计感染人数本轮疫情主要发生在山西省太原市，其中朔州、晋中、忻州和阳泉均有太原关联疫情。根据流行病学调查结果显示，主要由两条传播链组成，分别为省外输入关联疫情和清徐韵达关联疫情。目前，省外输入关联疫情累计报告感染人数57人，河北邯郸鸡泽县输入关联病例33人，病例1号、2号从邯郸市鸡泽县返回太原时并未做好隔离措施，不知不觉将病毒带回了家里，继而通过家属和其他密接者继续将病毒扩散至单位、村庄等；上海天津输入关联疫情14人，该链首个病例从天津市抵达太原时，刻意无视自己的旅居史和活动轨迹，并且在健身房和奶茶店等空间较为密闭且人群集中的场所活动导致多人感染，造成疫情的扩散蔓延。目前，省外输入
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  2022-04

  无症状感染者是防控新冠的“阿喀琉斯之踵”

  2020年5月有学者指出，无症状传播是新冠疫情“阿喀琉斯之踵”[1]。郭德银等在“2020－2021年度新型冠状病毒肺炎疫情发展趋势分析与应对”（疾病监测，2020.12，http://www.jbjc.org/article/doi/10.3784/j.issn.1003-9961.2020.12.005）一文指出，“无症状感染者是控制疫情传播蔓延的关键”[2]。建议对重点人群实施主动监测，及时发现可能存在的无症状感染者。截至4月6日，新冠肺炎确诊患者本土病例1284例（其中上海322例，吉林890例），新增无症状感染者21784例（其中上海19660例，吉林1546例）。无症状感染者在本次疫情中大量出现，成为防控的焦点、重点与难点。所有传染病中，新冠病毒无症状感染者比例最高。文献报道，新冠病毒的无症状感染者比例为4%～96%。希腊一项研究发现，在783 名回国人员中，97.5% 为无症状感染者。我国新疆喀什地区疫情初期，所有新冠病毒阳性者全部是无症状感染者。MERS 和SARS 无症状感染者比例为30%～40%。新冠肺炎患者的无症状期鼻咽拭子的病毒载量可达峰值。在临床诊断前数天，新